Zákon zásadne mení pravidlá finančnej kontroly a auditu vo verejnej správe a nadobúda účinnosť 1. januára 2026. Tri doterajšie typy finančnej kontroly (základná, administratívna a na mieste) sa zlučujú do jednej – jednoducho nazvanej „finančná kontrola". Ak sa pri overovaní poskytovania verejných peňazí nezistia žiadne závažné nedostatky, orgán verejnej správy nemusí vypracovávať zdĺhavé správy, čo znižuje administratívnu záťaž. Zákon po prvýkrát záväzne definuje, čo musí obsahovať vnútorný kontrolný systém každého orgánu verejnej správy – konkrétne päť prvkov podľa medzinárodného štandardu COSO: kontrolné prostredie, riadenie rizík, kontrolné činnosti, informačný tok a monitorovanie. Štatutárny orgán každej verejnej inštitúcie bude povinný vo svojej účtovnej závierke (prvýkrát za rok 2027) podpísať vyhlásenie o tom, či zavedený vnútorný kontrolný systém funguje správne a či zabezpečuje hospodárne nakladanie s verejnými financiami. Orgány verejnej správy, ktoré nie sú správcami kapitoly štátneho rozpočtu, získavajú dobrovoľnú možnosť zriadiť si vlastný útvar vnútorného auditu a využívať pritom rovnaké právomoci ako povinne auditorské subjekty. Úrad vládneho auditu sa ruší a všetky jeho kompetencie (vrátane rozhodovania o porušení finančnej disciplíny a výkonu vládnych auditov) prechádzajú na Ministerstvo financií SR; zamestnanci úradu sa k 1. januáru 2026 stávajú zamestnancami ministerstva, pričom tí, s ktorými sa pracovný pomer skončí, dostanú odstupné (odhadované náklady na odstupné cca 320-tisíc eur, očakávaná úspora osobných výdavkov asi 1,28 mil. eur ročne od roku 2026, zníženie počtu zamestnancov o 32). Za porušenie povinností súvisiacich s vnútorným kontrolným systémom a finančnou kontrolou sa zavádzajú alebo zvyšujú pokuty: štatutárny orgán môže dostať pokutu až 3 000 eur, orgán verejnej správy až 500 000 eur (predtým max. 100 000 eur).